Saint-Jean-de-Marsacq est situé dans la région de Nouvelle-Aquitaine, dans le département des Landes. Topographiquement, la commune se trouve dans la région géographique du Marensin, caractérisée par des paysages de forêts de pins, de collines douces et de zones marécageuses.
Le relief de Saint-Jean-de-Marsacq est relativement plat, avec quelques petites collines parsemées ici et là. La commune est traversée par la rivière Marque, qui contribue à la diversité des paysages locaux.
En termes d'altitude, Saint-Jean-de-Marsacq se situe à une altitude moyenne d'environ 30 mètres au-dessus du niveau de la mer. Les altitudes varient légèrement à travers la commune, mais en général, elle demeure relativement basse, offrant un cadre paisible et verdoyant aux habitants et visiteurs.
| Lieu | Altitude (m) |
|---|---|
| Mairie de Saint-Jean-de-Marsacq | 21 |
| Église Saint-Jean-Baptiste | 18 |
| Église Saint-Pierre | 17 |